Setelah menemukan sejumlah pemeluk Kristen tersembunyi di Pulau Ikitsuki pada tahun 1865, mereka mulai bekerja untuk memulihkan iman katolik mereka walaupun gagal pada awalnya. Lalu di tahun 1878, seorang pastor bernama Fr. Pelu datang ke Hirado dan membaptis banyak orang yang disebut-sebut sebagai nenek moyang para jemaat Gereja Yamada saat ini. Dekorasi sayap kupu-kupu yang menghiasi permukaan dinding dari interior gereja dibuat dengan tangan dan dilukis oleh para pastor pada saat itu. Lukisan yang tampak seperti mosaik sesungguhnya dibuat dari sayap kupu-kupu asli yang telah dihancurkan. Dekorasi tersebut dianggap sebagai salah satu dari 'tujuh sakramen' gereja tersebut.

Pada 1981, St. Thomas Nishi bersama dengan ke-15 martir lainnya dibaptis di Filipina. St. Thomas lalu meninggal dan patung beliau dibuat sebagai kenangan di taman Ikitsuki.